Facturation électronique : comment gérer l’auto-facturation ?
Dans cet article
Vous pratiquez l’auto-facturation et vous vous demandez comment cette organisation va s’intégrer dans la facturation électronique obligatoire ? Bonne nouvelle : le principe ne change pas. Ce qui évolue, c’est le circuit technique.
Avec la facturation électronique, vos auto-factures doivent désormais passer, comme toutes les autres, par des plateformes agréées. Et c’est là qu’une question se pose : comment gérer un dispositif fondé sur des flux inversés dans un système pensé pour un schéma classique vendeur -> acheteur ?
Où déposerez-vous vos auto-factures ? Comment circuleront-elles dans ce nouveau cadre ? Quelles obligations devrez-vous respecter ? On fait le point.
Petit rappel : qu’est ce que l’auto-facturation ?
L’auto-facturation, c’est quand l’acheteur crée lui-même les factures de ses fournisseurs, sur la base d’un mandat d’auto-facturation. Au lieu d’attendre que le fournisseur envoie sa facture, c’est le client qui l’établit directement.
Ce mandat est un document qui vous autorise formellement à émettre des factures au nom de votre fournisseur. C’est une pratique courante dans la grande distribution, les réseaux de grossistes ou certains secteurs industriels qui gèrent de nombreux fournisseurs.
Point important : même si vous créez la facture, c’est le régime de TVA du fournisseur qui s’applique. En effet, le fournisseur reste responsable de la conformité fiscale.
Pour aller plus loin
L’auto-facturation : comment ça marche ?

Auto-facturation : ce qui change avec la facturation électronique
Aujourd’hui, vos auto-factures circulent souvent en PDF par email. Avec la facturation électronique obligatoire, ce mode d’échange disparaît. Prochainement, toutes les factures devront transiter par des plateformes agréées immatriculées par l’État.
Concrètement, cela implique :
- Plus d’envoi par courrier ou par email ;
- Un dépôt des factures sur votre plateforme agréée ;
- Une transmission automatique au destinataire via sa propre plateforme agréée ;
- Un envoi direct des données fiscales à l’administration.
Dans le cas de l’auto-facturation, le principe du mandat reste identique : vous créez toujours les factures au nom de vos fournisseurs. En revanche, ce qui change, c’est le circuit technique. Dans le cadre de l’auto-facturation électronique, les flux s’inversent. C’est-à-dire que c’est vous, l’acheteur, qui émettez la facture sur votre plateforme. agréée. Votre fournisseur la reçoit ensuite sur la sienne comme une facture de vente.
Où déposer les factures en auto-facturation ?
En auto-facturation, aucun choix n’est possible, vous devez obligatoirement utiliser votre propre plateforme agréée d’émission.
C’est votre plateforme agréée qui :
- Réalise les contrôles réglementaires
- Transmet les données fiscales au Concentrateur de données, au nom de votre fournisseur
- Envoie la facture à la plateforme agréée de votre fournisseur (PA-R)
Votre fournisseur reçoit donc sa facture de vente comme une facture entrante, même si elle a été créée en son nom.
Comment circule concrètement une auto-facture ?
Pour visualiser ce qui se passe réellement, prenons le chemin d’une auto-facture, du moment où vous la créez jusqu’à son traitement par votre fournisseur.
1. Création de la facture
Vous créez la facture au nom de votre fournisseur dans une solution de facturation comme incwo, puis vous la déposez sur votre plateforme agréée. La facture intègre le code réglementaire correspondant à l’auto-facturation (389 pour une facture, 261 pour un avoir, etc.).
2. Dépôt sur votre plateforme agréée (PA-E)
Votre plateforme réalise les contrôles nécessaires et transmet les données fiscales au Concentrateur de données. Elle envoie ensuite la facture à la plateforme utilisée par votre fournisseur.
3. Réception par la plateforme agréée du fournisseur (PA-R)
La plateforme agréée du fournisseur reçoit la facture, effectue ses propres contrôles réglementaires, puis la met à disposition de votre fournisseur avec les statuts “Reçue” puis “Mise à disposition”.
4. Traitement par le fournisseur
Le fournisseur examine la facture comme toute facture entrante. Il peut l’accepter (“Prise en charge”), la valider totalement ou partiellement (“Approuvée” / “Approuvée partiellement”), ou signaler un litige (“En litige” ou “Suspendue”). Les statuts appliqués sont ensuite renvoyés vers votre plateforme agréée.
5. Rejet ou refus
La facture peut être rejetée pour des raisons techniques ou refusée par le fournisseur (erreur de contenu, mauvais adressage, incohérence). Dans les deux cas, l’annulation doit être effectuée de part et d’autre : vous annulez dans vos achats, tandis que le fournisseur annule dans ses ventes.
6. Paiement et encaissement
Lorsque vous effectuez le règlement, vous envoyez le statut “Paiement transmis”. De son côté, le fournisseur reste responsable du statut réglementaire “Encaissée”.

Les spécificités réglementaires de l’auto-facturation
Le mandat d’auto-facturation
Vous devez disposer d’un mandat formalisé vous permettant d’émettre les factures au nom de votre fournisseur.
Le régime de TVA du fournisseur
Même si c’est vous qui créez la facture, c’est le régime de TVA de votre fournisseur qui s’applique :
- S’il est franchisé en base : vous créez des factures sans TVA,
- S’il est assujetti : vous appliquez la TVA selon les taux appropriés.
Votre fournisseur doit vous signaler tout changement de régime, notamment en cas de dépassement de seuil de franchise.
Les statuts inversés
L’inversion technique se traduit dans les statuts :
- Les statuts d’émission (“Déposée”, “Émise”) proviennent de votre plateforme agréée,
- Les statuts de réception et de traitement proviennent de la plateforme agrééede votre fournisseur,
- Les statuts liés au paiement restent partagés selon les responsabilités habituelles.
La numérotation des factures
Vous devez gérer une série chronologique de numéros de factures dédiée à chaque fournisseur que vous auto-facturez. Chaque fournisseur a sa propre séquence.
incwo est déjà prêt pour l’auto-facturation dans le cadre de la facturation électronique
L’auto-facturation inverse les circuits : l’acheteur émet, le fournisseur reçoit. Avec la facturation électronique, les flux techniques suivent eux aussi cette inversion sur les plateformes agréées. L’essentiel reste de disposer d’un outil capable de gérer ces flux inversés, d’appliquer le bon régime de TVA de chaque fournisseur et de restituer les statuts au bon endroit.
incwo intègre un module dédié à l’auto-facturation, certifié NF 203. Cette certification garantit le respect des obligations légales et fiscales sur les auto-factures. Le logiciel gère une numérotation chronologique dédiée par fournisseur, applique le régime de TVA spécifique de chaque fournisseur, intègre les mentions obligatoires et sépare clairement vos factures de vente des auto-factures émises. Ces mécanismes sont déjà alignés avec les exigences de la facturation électronique.
L’avantage pour les entreprises qui utilisent déjà l’auto-facturation dans incwo ? Aucun changement de méthode, aucune migration : le passage à la facturation électronique obligatoire sera transparent.
Vous pratiquez l’auto-facturation et vous cherchez une solution déjà prête pour la facturation électronique ? Contactez-nous pour en discuter